cdake, пиши лучше в соответствующую тему, и как-же ты из положения выходишь, интересно? Я не вполне понял, что у тебя там творится.., можно установить "автоскрытие панели" в свойствах панели (по панели, ПКМ), кнопки скрытия указать, допустим и добраться до окон. Напиши в тему, связанную с GNOME.
ps/ Это только с Nautilus происходит или с другими приложениями тоже?